As Instalações Alfandegadas da Transbrasa, dentro do porto organizado, foram concebidas especialmente para garantir agilidade e segurança nas operações de exportação e importação. São 53 mil m² de área pavimentada para movimentar cerca de 10 mil cntr/mês com uma capacidade estática de armazenar 5 mil TEUs.
Os armazéns são cobertos para cargas soltas, habilitados para produtos químicos, gêneros alimentícios, farmacêuticos, hospitalares e especiais. Módulos com prateleiras porta-paletes que propiciam a separação de cargas e facilitam a localização da mercadoria através de sistemas informatizados.
Ao todo, são 120 tomadas reefers projetadas de acordo com as mais modernas tecnologias.